
西暦2009年。巨大な異星人「ゼントラーディ」との壮絶な星間戦争に巻き込まれ、未曾有の危機に瀕した地球とそこに住まう人類。多くの尊い命を失いはしたが、辛くも生き残った人類は、やがて種の存続を主眼に置いた「銀河播種計画」をうちたて、大規模な船団を仕立てて新天地を求めて広大な銀河の各方面へと旅立っていった。
西暦2059年。新マクロス級として数えて25番目の移民船団(第55次超長距離移民船団)マクロス・フロンティアは新地球統合軍の護衛戦闘艦と一体化した居住艦を擁し、1000万人以上を住まわせて銀河の中心部を目指す航海の中にあった。